Peder Lykke Centret er en selvejende institution. Det betyder, at centret ledes af en bestyrelse, der har indgået en driftsoverenskomst med Københavns Kommune. Bestyrelsen er opbygget således, at den består af mindst 5 og højest 9 medlemmer, hvoraf hovedparten er beboere og brugere fra Peder Lykke Centret.
Til den daglige drift af Peder Lykke Centret har bestyrelsen ansat en centerchef, der understøttes af 9 afsnitsledere.
Bestyrelsesformand
Susanne Borch
Centerchef
Mette Olsen
Intern organisation
Som det fremgår af organisationsplanen til højre, består Peder Lykke Centret af en fagstab, servicestab, 6 plejeafsnit, et 'Værested', et produktionskøkken, et aktivitetscenter og en daghøjskole.
Til hvert af husets afsnit (dog ikke staben) er der tilknyttet et råd eller udvalg med deltagelse af brugere og beboere. Disse råd skal sikre, at Peder Lykke Centret drives så demokratisk som muligt og i overensstemmelse med centrets målsætning og værdigrundlag.